Il monastero e la chiesa di San Francesco a Veglia vengono menzionati in diversi documenti, testamenti e statuti già dal XIII secolo. Il monastero narra la storia della tradizione dei francescani a Veglia. Secondo una leggenda scritta nel 1500, San Francesco approdò a Veglia a causa del maltempo e conobbe un eremita che accettò i suoi insegnamenti, dopo di che venne instaurato l’ordine francescano a Veglia.
La chiesa di San Francesco è un edificio a navata unica con abside semicircolare e volta gotica. È orientato tradizionalmente in direzione ovest-est. Siccome nella sacrestia della chiesa furono trovati affreschi di un periodo precedente, si presume che in quel luogo fosse esistita una chiesa antica e che l’odierna chiesa di San Francesco fosse stata creata in seguito al suo rimodellamento. Sulla parete della chiesa si trova un rilievo di un leone alato veneziano con il libro chiuso risalente al XIII secolo. Il libro chiuso indica che Venezia in tale momento era in guerra. Il campanile della chiesa fu completato nel 1743. Il monastero fu eretto a nord della chiesa odierna. Non ci sono molte informazioni sulla sua costruzione, ma è noto che nel 1500 il provvidente dalmata Sebastijan Justiniani permise l’apertura di finestre sul lato lungo le mura cittadine. Nel 1625 fu costruita una cisterna con il chiostro, nella quale veniva raccolta l’acqua piovana.